Der Name Sargassosee ist von den großen Mengen der frei im Wasser schwebenden Braunalgen der Gattung Sargassum abgeleitet. Diese Sargassum-„Wälder“ stellen einen besonderen Lebensraum für kleine Krabben, Würmer und andere Meerestiere dar. Die Seitenarme dieser Pflanzen können bis zu 300 Meter lang werden. Die Primärproduktion ist erheblich, es wird geschätzt, dass ein Drittel der Primärproduktion des offenen Atlantiks in der Sargassosee stattfindet.
Die Sargassosee ist der Ort, wo sich die Amerikanischen Aale und die Europäischen Aale treffen und laichen. Von hier aus starten die Jungtiere (Weidenblattlarven – Leptocephalus) zu ihrer langen Reise in die Flüsse und Seen der jeweiligen Kontinente. Der Gelehrte Maury erklärte die außergewöhnliche Ansammlung frei schwebender Pflanzen einst so: Wenn man schwimmende Körper in ein Gefäß bringt und das Wasser in diesem Gefäß in kreisförmige Bewegungen versetzt, sieht man, dass sich die verstreuten Stücke zu einer Gruppe im Mittelpunkt der flüssigen Oberfläche vereinigen, das heißt an jenem Punkt, wo am wenigsten Bewegung herrscht. In diesem Fall ist der Atlantik das Gefäß, der Golfstrom die kreisförmige Bewegung und das Sargassomeer der Mittelpunkt, an dem sich die treibenden Körper vereinigen. Jules Verne zitiert diese Erklärung wörtlich in seinem 1870 erschienenen Roman 20.000 Meilen unter dem Meer. Wissenschaftler vermuten, dass die Sargassum-Braunalgen sehr alt werden können, so dass heutige Pflanzen schon durch ihren Entdecker Christoph Kolumbus gesehen wurden.